De locatie Molengracht richt zich op acute hulp in levensbedreigende situaties en complexe zorg. Hieronder valt ook hartchirurgie.
Eind 2004 is het thoraxcentrum, dat voorheen gevestigd was aan de Galderseweg, naar de Molengracht verhuisd. Hiervoor werd, evenals voor de afdelingen dialyse, bijzondere tandheelkunde, het medisch microbiologisch laboratorium, neurologie, het kenniscentrum en een aantal poliklinieken, de locatie Molengracht verbouwd.

Alle medisch specialismen en ondersteunende afdelingen en diensten die te maken hebben met het hart, zijn sinds eind 2004 gecentreerd op locatie Molengracht. Complexe ingrepen als open-hartoperaties, worden binnen het Amphia Ziekenhuis alleen nog maar op deze locatie  uitgevoerd. Ook het implanteren van defibrillatoren en dotterbehandelingen worden aan de Molengracht gedaan. Daarnaast zijn er de afdelingen voor hartbewaking en cardiologie, hartfunctieonderzoek en de Eerste Hart Hulp.
Naast de specialismen rondom het hart, is ook neurologie voor een belangrijk deel op de Molengracht gesitueerd. Hieronder valt bijvoorbeeld de stroke-unit. Hier liggen patiënten die een beroerte of een herseninfarct hebben gehad.

De Amphia-cardiologen hebben hun poliklinieken op alle locaties in Breda én Oosterhout.